ANÁLISE E PROCESSAMENTO DIGITAL DE IMAGEM
Curso de Análise e Processamento Digital de Imagem: ImageJ / Photoshop - 2017
Professor Responsável: Manoel Luís Costa
Telefone: (21) 3938-6429 - E-mail: manoelluiscosta
ufrj.br
Local: UFRJ - Centro de Ciências da Saúde - CCS; Bloco C; Sala C11 (Sala do Futuro).
Ementa:
• Teoria básica da imagem e computação, e as principais técnicas de geração de imagem biológica. ImageJ. Análise (perfil, histograma) e quantificação (calibração, escala); identificação e isolamento de objetos. Processamento: operações ponto-a-ponto com imagens (contraste, brilho, gamma) e imagem-a-imagem (convoluções, FFT). Pilhas de imagens: tempo e 3a dimensão. Plugins, programação. Photoshop. Preparo de pranchas e apresentações.
Programa:
• Depois de cada aula teórica, espera-se que os alunos trabalhem nos computadores os aspectos discutidos. No final, teremos apresentações dos modelos de cada usuário em busca de soluções. O curso terá forte componente prático: para isso, cada aluno terá de ter acesso a um computador com o programa de processamento e análise de imagem ImageJ, na versão FIJI, e ao programa Photoshop, além de imagens digitalizadas de alguma maneira. Ao final, cada aluno deve demonstrar o uso do ImageJ / Photoshop no seu modelo de pesquisa.
Cronograma
Período: 29 de maio a 26 de junho de 2017, de 13h às 17horas.
Carga horária: 40 horas
• 29/5/2017 (2a feira)
13h-15h: Abertura do Curso, instalação do software, apresentação dos alunos
15h-17h: Introdução à computação: ImageJ. Equipamento e armazenamento.
• 31/5/2017 (4a feira)
13h-15h: Geração e aquisição de imagem: microscopia (confocal), câmeras, scanner.
15h-17h: Amostragem e resolução; profundidade de cor; brilho, contraste e gama.
• 2/6/2017 (6a feira)
13h-15h: Análise (perfil, histograma) e quantificação (calibração, escala) de imagem.
15h-17h: Ajuste de cores, subtração de background.
• 8/6/2017 (5a feira)
13h-15h: Identificação e quantificação de objetos X background (threshold).
15h-17h: Stacks: tempo (tracking) e tridimensional (segmentação).
• 12/6/2017 (2a feira)
13h-15h: Processamento: operação imagem-a-imagem, convoluções.
15h-17h: FFT
• 14/6/2017 (4a feira)
13h-15h: Plugins, programação.
15h-17h: Quantificação: exemplos de uso + estudo caso.
• 19/6/2017 (2a feira)
13h-15h: Video: exemplos de uso + estudo caso.
15h-17h: Quantificação: exemplos de uso + estudo caso.
• 21/6/2017 (4a feira)
13h-15h: Imagem tridimensional: exemplos de uso + estudo caso.
15h-17h: Introdução ao Photoshop.
• 23/6/2017 (6a feira)
13h-15h: Montagem de pranchas, preparo de apresentações.
15h-17h: Photoshop: exemplos de uso + estudo caso.
• 26/6/2017 (2a feira)
13h-15h: Acompanhamento de casos.
15h-17h: Acompanhamento de casos.
Bibliografia:
1. The Image Processing Handbook, Russ, 2007, CRC Press
2. Microscope Image Processing, Wu, Merchant e Castleman, 2008, Academic Press
3. Video Microscopy, Inoué, 1997, Plenum Press
4. Microscopia Óptica: Fundamentos e Aplicações às Ciências Biomédicas, Wanderley de Souza, 2014, SBMM
5. Electronic Light Microscopy, Shotton, Willey-Liss
6. What's in a picture? The temptation of image manipulation. Rossner, M., e Yamada, K.M., 2004, J Cell Biol. 166(1):11-5.
7. Helen Pearson - Image manipulation: CSI: cell biology. Nature 434, 952-953 (21 April 2005):
https://www.nature.com/nature/journal/v434/n7036/full/434952a.html
8. Guidelines for Best Practices in Image Processing: http://ori.hhs.gov/education/products/RIandImages/guidelines/list.html
9. NIH Image Manual: http://rsb.info.nih.gov/nih-image/manual/contents.html
10. Sobre imagem e microscopia: http://micro.magnet.fsu.edu/primer/digitalimaging/
11. Manual do Fiji: http://pacific.mpi-cbg.de/wiki/index.php/Fiji
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